ส่วนใหญ่พบฟลาโวนอยด์ในเปลือกและรวมถึงสารต่อไปนี้ โปรไซยานิดิน, คาเทชิน, อีพิคาเทชิน, ฟลอริซิน และเควอซิตินไกลโคไซด์ แอปเปิ้ลยังมีกรดไฮดรอกซีเบนโซอิกและไฮดรอกซีซินนามิก (เช่น กรดคลอโรเจนิก) โพลีฟีนอลเหล่านี้ (ทำงานร่วมกับเพกติน) ป้องกันความเสียหายจากอนุมูลอิสระ โดยเฉพาะในระบบหัวใจและหลอดเลือด ตลอดจนสร้างผลการลดคอเลสเตอรอล ประโยชน์ของแอปเปิล การศึกษาเชิงแทรกแซงเพื่อตรวจสอบการบริโภคแอปเปิ้ลสด แอปเปิลไซเดอร์ หรืออาหารเสริมจากแอปเปิลได้แสดงให้เห็นผลลัพธ์ที่หลากหลายเกี่ยวกับการลดคอเลสเตอรอล ซึ่งมีตั้งแต่ไม่มีผลไปจนถึงการลดลงเล็กน้อยของคอเลสเตอรอลรวม อย่างไรก็ตาม การทบทวนอย่างเป็นระบบของการทดลองทางคลินิก 5 ฉบับพบว่ามีการปรับปรุงที่สอดคล้องกันในพารามิเตอร์ต่างๆ ของหัวใจและหลอดเลือดในมนุษย์