ภัยคุกคาม: นกเพนกวินมีผู้ล่าทั้งบนบกและในน้ำ ในน้ำ เพนกวินอาจตกเป็นเหยื่อของแมวน้ำเสือดาว แมวน้ำขน สิงโตทะเล ฉลาม หรือวาฬเพชฌฆาต บนบก ลูกไก่และไข่ของนกเพนกวินอาจถูกล่าโดยสุนัขจิ้งจอกและงู เช่นเดียวกับสัตว์นักล่าที่แนะนำ เช่น สุนัขดุร้ายและแมว นกนักล่า รวมทั้งนกปากห่างและนกนางแอ่นยักษ์ ยังกินลูกนกและไข่ของนกเพนกวินด้วย  ความรู้ทั่วไปเกี่ยวกับเพนกวิน การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศเป็นอีกหนึ่งภัยคุกคามที่สำคัญต่อนกเพนกวินที่อาศัยอยู่ในทวีปแอนตาร์กติกา เช่น เพนกวินจักรพรรดิและเพนกวินอาเดลี สายพันธุ์เหล่านี้อาศัยแผ่นน้ำแข็งในภูมิภาคเพื่อผสมพันธุ์และล่าสัตว์ เมื่อน้ำแข็งในทะเลละลายเนื่องจากอุณหภูมิที่ร้อนขึ้นจากการเปลี่ยนแปลงของสภาพอากาศ สิ่งมีชีวิตเหล่านี้กำลังสูญเสียที่อยู่อาศัย จากการศึกษาของกองทุนสัตว์ป่าโลกสากล (WWF) ในปี 2551ประมาณว่า 50% ของเพนกวินจักรพรรดิและ 75% ของเพนกวินอาเดลีมีแนวโน้มลดลงหรือหายไปหากอุณหภูมิเฉลี่ยทั่วโลกสูงขึ้นเกินระดับก่อนยุคอุตสาหกรรมเพียง 2 องศาเซลเซียส